やまもと
言わずと知れた我らが主人公。一見ごく普通の新米ポケモントレーナーであるが、誇り高き戦闘民族サイヤ人として生まれ、ポケモントレーナーを志す以前はドイツ軍に在籍していたという異色の経歴を持つ。嘗て培った技術を用いて手持ちのポケモンに闇の手術を施し、姿・能力を次々と変化させた。たまに失敗するのはご愛嬌。時折闇人格の「やみもと」が現れることがある。変化したポケモンのおやが時々「やまもん」「よまもん」となっていることがあるが、単なる芸名なのか全くの別人なのかは不明。
オーキド
マサラタウンに住むポケモン博士。やまもとがポケモントレーナーを志すきっかけとなった人物。
エンディングにて、もっとボリュームのあるポケモン図鑑を作れ(ポケモンをたくさん捕まえろということではなく、「人間の方の」ポケモンのブロマイドをたくさん集めろ)と要求。やまもとは当然コレを拒否。
マサキ
業者さん。廃人と化したポケモンたちは彼の手によって埋葬される。
タケシ
ニビのジムリーダー。硬いポケモンを愛していながら、「かたくなる」を使えるコクーンを愛さなかったことが原因でやまもとに敗れる。
カスミ
ハナダのジムリーダー。当時12月であったにもかかわらずビキニを着用している上、「たいあたり」しか使えないむてきまる先生に2タテされ、やみもとにドン引きされた。
マチス
クチバのジムリーダー。むてきまる先生との激闘の末判定負けする。敗北したショックのせいで精神に以上をきたし、技マシン24を渡す際には謎の呪文を唱えていた。
エリカ
タマムシのジムリーダー。やまもとの頑張りを尻目に居眠りするなど空気を読まない行為を繰り返すが、一度はやまもとを返り討ちにした猛者。最終的におれこに敗北した。
キョウ
セキチクのジムリーダー。技マシン22を会得したむてきまる先生に追い詰められたが、負けるよりは引き分けにとマタドガスの自爆で相打ちに持ち込んだ卑キョウな男。この行為がやまもとの怒りを買い、怒りのパワーで覚醒したのりおに敗北した。
ナツメ
ヤマブキのジムリーダー。フーディン等の強力なポケモンを持ちながらサイコウェーヴ等糞技しか覚えさせておらず、どく2匹かくとう1匹というタイプ上有利なはずの相手に敗北した。裏ではSMの女王様として生計を立てており、やまもとが挑戦に来た際に慌てて登場したためムチを携帯したまま戦闘に突入してしまった。
ヌ"ぶズ
グレンのジムリーダー。カツラというリングネームを使っている。元はのりお専用のわざマシンである「のりマシン」(中身はコイキング)だったが、闇の手術の途中で中年親父に変化。その後埋葬されそうになったがどさくさ紛れに逃亡し、グレンタウンのジムリーダーに収まった。だが所詮はバグの産物だったことに加えてクイズのことばかり考えていたために頭がおかしくなり、体力満タンのギャロップにいいキズぐすりを飲ませるなどの奇行に走った末ヤンデレに敗北した。
サカキ
ロケット団団長にしてトキワのジムリーダー。通称バカキ。どんなに追い詰められていようと回復薬よりエフェクトガードを優先して使い続ける生粋のエフェクトガードフェチ。最強のトレーナーであると豪語するが、後に四天王&チャンピオンが控えているため完全な噛ませ犬と化していた。さらには初代の仕様(すばやさが自分より高い相手には当たらない)では絶対に当たらない相手に一撃必殺技を乱発し、ニドクインにひっかくを覚えさせていたりとバカな行動を繰り返していたためあっさり敗北。やまもとは「こんなんでロケット団を率いていたのか?少し頭のいい団員が居たらバカにされるのではなかろうか」と苦笑していた。
カンナ
四天王1番手。1番手とはいえその実力はチャンピオンに匹敵するほど高く、おれこを氷漬けにしたりむてきまる先生といいこを立て続けに撃墜するなどやまもとを窮地に追い込んだ。激戦の末、ラプラスの急所をハンターことおにぽんにつぶされ敗北。
シバ
四天王2番手。だがその実力はカンナを大幅に下回り、おにぽんに手持ちポケモンの急所を次々とつぶされ敗北した。テクニックが皆無のパワーバカ。
キクコ
四天王3番手。さいみんじゅつ・へびにらみなど状態異常を絡めた戦法でやまもとを苦戦させるが、年のせいでボケていたらしくどくタイプにどくどくを放つなど奇行に走り最終的に敗北した。
ワタル
四天王4番手。言わずと知れたチート野郎。ギャラドスやプテラ、カイリューなど強力なポケモンを次々と繰り出したが、所詮はチート野郎のためやまもとの正々堂々たる戦法には敵わず敗北した。
ブラック・ジャック先生
ハナダの南に住む育て屋。おにぽんのレベルを252上昇させるなど天才ぶりを発揮したが、それに比例して請求額も膨大であり、9999円という法外な金額をやまもとに要求。しかもおにぽんはけつばん同然の存在になっていたためやまもとは落胆。懲りずに再度預かった際には手術ミスによっておにぽんを死霊(ゴース)にしてしまった。この際ブラック・ジャック先生は請求金額を大幅に下げることで責任逃れを図った。
コナン君
メガネをかけたオーキド博士の助手。「あれれー?」が口癖。秘伝マシン05をやまもとに渡す仕事を任されたが、ポケモンの数が足りない、持ち物がいっぱいですなど理由をつけて焦らしプレイを行った。
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