ループモデリング
問題意識:「ループ」というものを、どう定義するか。(・w・)
問題意識:環境の正しくなさをどう評価するか。
まわりのタンパク質(環境と呼ぶ)は、マジメにモデリングする前の
ループを含んで構造をとっている。
→ってことは、二次構造の向きなんかは信頼できないかも?
→いやでも、二次構造の配向はループに決められてないかも。
それ以外にもいろいろ問題があるから、何にしても、
環境の構造が正しいとは考えられない。
で、正しくない環境にあわせてモデリングしたループの構造は、
正しくなるとはなかなか思えない。
どうしたらよいのであろう。こまったのである。