HDF4/HDF5 - fmemo

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HDF4

インストール

fink

$ fink install hdf

HDF4は自己記述型のファイルである。hdpコマンドを使えばヘッダを読んだり、バイナリにダンプしたりできる。

hdp

HDFファイルをダンプするためのコマンド

ヘッダを書き出したいとき

$ hdp dumpsds -h inputfile.hdf 

2番目のデータを書き出したいとき

$ hdp dumpsds -i 2 -d inputfile.hdf

アスキーではなくバイナリで書き出したいとき

$ hdp dumpsds -b inputfile.hdf

(工事中)

参考: http://ryuiki.agbi.tsukuba.ac.jp/~nishida/MEMO/HDF.html

HDF5

HD5はそれ以前のHDF4と互換性がないことに注意。

インストール

fink

$ fink install hdf5

ソースから

$ sudo mkdir /usr/local/hdf5-1.8.3-g95
$ wget ftp://ftp.hdfgroup.org/HDF5/current/src/hdf5-1.8.3.tar.gz
$ tar xvzf hdf5-1.8.3.tar.gz
$ cd hdf5-1.8.3
$ ./configure --prefix=/usr/local/hdf5-1.8.3-g95 --enable-fortran F9X=g95 
$ make
$ sudo make install
$ sudo ln -s /usr/local/hdf5-1.8.3-g95 /usr/local/hdf5

h5dump

h5dumpはHDF5を読むためのコマンド。

ヘッタを書き出したい

$ h5dump -H filename.h5 > header.txt

ヘルプを読みたい

$ h5dump -h 

データ/Data/variable1をバイナリで書き出し、hoge.binという名前にしたい。

$ h5dump -d /Data/variable1 -b -o hoge.bin hoge.h5

環境変数

$ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/path/hdf5-X.X.X/lib

コンパイルオプション

$ g95 -I/usr/local/hdf5-1.8.3-g95/include -L/usr/local/hdf5-1.8.3-g95/lib \
> -L/usr/local/zlib-1.2.3/lib -lhdf5 -lhdf5_fortran -lhdf5_hl -lhdf5hl_fortran  -lz  h5ex_d_alloc.f90

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